ผลกระทบของการฉีดวัคซีนแม้จะไม่มีข้อมูลการเฝ้าระวังที่แข็งแกร่งเน้นประเด็นที่จะได้รับประโยชน์มากที่สุดจากการเริ่มโครงการฉีดวัคซีนป้องกันไวรัสโรคไข้สมองอักเสบญี่ปุ่น สิ่งนี้จะเป็นแนวทางในการประเมินเหตุผลเกี่ยวกับต้นทุนและผลประโยชน์ของการฉีดวัคซีนและสนับสนุนการตัดสินใจของผู้กำหนดนโยบายในการจัดสรรวัคซีนเป็นการติดเชื้อไวรัสของสมองที่ส่งมาจากยุง

เป็นโรคที่เกิดเฉพาะถิ่นในประเทศแถบเอเชียแปซิฟิกโดยมีคนสามพันล้านคนที่เสี่ยงต่อการติดเชื้อตามองค์การอนามัยโลก มีการติดเชื้อเพียงเล็กน้อยเท่านั้นที่มีอาการ แต่ผู้ที่ติดเชื้อที่มีอาการมีความเสี่ยงสูงที่จะเสียชีวิต ผู้ที่รอดชีวิตมักจะมีอาการทางระบบประสาทและจิตใจอย่างมาก มีวัคซีนจำนวนหนึ่งสำหรับ JE แต่ในปี 2013 มีการให้คุณสมบัติเบื้องต้นแก่ผู้ที่ได้รับวัคซีน JE ใหม่ที่ต้องใช้เพียงครั้งเดียวเท่านั้นราคาถูกในการผลิตและปลอดภัยกว่าวัคซีนที่ผ่านมา สิ่งนี้นำไปสู่การเพิ่มการฉีดวัคซีนในเอเชียอย่างมาก อย่างไรก็ตามจากความแพร่หลายของโรคในหลายประเทศจึงไม่สามารถประเมินผลกระทบของการฉีดวัคซีนเหล่านี้ต่อภาระโรค